Na altura que andava com estas coisas em mãos (cabinet´s e PCB´s) tinha em mente fazer um projecto onde poderia ter diversos PCB´s e também um computador e quiçá alguma consola à mistura hehe, sendo que a parte interessante do projecto seria encontrar forma de conseguir alternar entre os diversos sistemas sem ter de ligar / desligar o que quer que seja.
Para isso teria de criar / encontrar uma solução "electrónica" para tal, mas com a tentativa de meter a America 1492 (pinball) a funcionar acabei por meter de lado esse projecto.
No teu caso
danny_hawk o facto de quereres meter um "emulador" no cabinet não invalida que possa ligar lá um PCB. Terás é de manualmente desligar a ficha JAMMA de um sistema e ligar o outro lá. Com sorte não seriam preciso muitas mais modificações.
A meu ver, deverias tentar resolver o problema deste PCB e depois tentares instalar um "emulador" na máquina, no fim tentar conjugar ambos os sistemas.
Para te ajudar nisso estamos cá todos
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Sobre os flat cable, sem querer te induzir em erro, com um cabo IDE cortado à medida não dará para "desenrascar" / resolver a situação?